新三板的公司多数都是有限责任公司，按照要求必须进行股份制改造。按照《公司法》的规定，有限责任公司变更为股份有限公司，除应当符合该法规定的股份有限公司的条件之外，还需严格按照《公司法》及相关法律、行政法规、司法解释等规定的程序进行。有限责任公司进行股份制改造的基本程序如下。
一、由公司董事会制订股份制改造方案
按照《公司法》第４６条的规定，董事会对股东会负责，董事会行使的职权中包括“制订公司合并、分立、解散或者变更公司形式的方案”。因此，有限责任公司如需变更公司形式为股份有限公司的，则需由公司董事会制订公司变更形式的方案。需要注意的是，按照《公司法》第５０条的规定，股东人数较少或者规模较小的有限责任公司，可以设一名执行董事，不设董事会。此类公司如欲进行公司形式变更的，解释上应认为由执行董事制订变更公司形式的方案。
方案一般应包括下列内容：
１、变更为股份有限公司的原因；
２、变更的法律依据；
３、变更为股份有限公司的名称、股本总额、组织机构、公司经营范围等；
４、原公司股东的出资额转换成变更后股份有限公司对应股份的安排；
５、股份制改造的步骤和时间安排；
６、具体经办人员和分工安排；
７、其他事项；
二、由拟进行股份制改造的有限责任公司召开股东会，对董事会或者执行董事制订的股份制改造方案进行审议，对是否进行股份制改造作出决议
股东会会议由股东按照出资比例行使表决权（但公司章程另有规定的除外）。股东会会议作出变更公司形式的决议，必须经代表三分之二以上表决权的股东通过。对变更公司形式的事项，如果股东以书面形式一致表示同意的，可以不召开股东会会议，直接作出决定，并由全体股东在决定文件上签名、盖章。
三、对公司的财务会计报告（会计报表）进行审计，以确定公司的净资产额
根据《公司法》第１６４条的规定，公司应当在每一会计年度终了时编制财务会计报告，并依法经会计师事务所审计。财务会计报告应当依照法律、行政法规和国务院财政部门的规定制作。因此，有限责任公司依法应编制财务会计报告以备审计。而按照《公司法》第９５条的规定，有限责任公司变更为股份有限公司时，折合的实收股本总额不得高于公司净资产额。因此，有限责任公司的股东会作出变更公司形式的决定后，应当由公司聘请资产评估机构对公司的财务会计报告（会计报表）进行审计，以确定公司的净资产额，并以之作为最终折合的实收股本总额的依据。
四、再次召开股东大会，根据经审计的公司净资产额确定各股东所占份额
按照《公司法》第８３条的规定，以发起设立方式设立股份有限公司的，发起人应当书面认足公司章程规定其认购的股份，并按照公司章程规定缴纳出资。以非货币财产出资的，应当依法办理其财产权的转移手续。有限责任公司变更为股份有限公司的，需要经专业机构对公司的资产进行审计并确定公司的净资产额，以之为限折合为实收股本总额。有限责任公司需确定各股东所占公司净资产额的比例，并折合为变更后公司的相应股份份额。
五、由公司聘请验资机构对股东出资进行检验并出具验资报告
按照《公司法》第８９条的规定，发行股份的股款缴足后，必须经依法设立的验资机构验资并出具证明。由于新的股份有限公司的股份系由原有限责任公司的公司净资产总额折合而来，因此，各股东所占股份系基于其所占原有限责任公司公司净资产额的比例而定，因此虽然不需要股东再行认购股份，但是仍然需要经依法设立的验资机构对股东的出资进行检验并出具验资报告，证实公司股东基于其在原有限责任公司出资所折合到新的股份有限公司中的股份份额的真实性和合理性。
六、修改公司章程
公司组织形式发生变更时，公司组织机构、股权转让等重要事项也可能发生相应的变化等等，因此，公司章程必然要作相应的修改。按照《公司法》第８１条的规定，股份有限公司章程应当载明下列事项：
１、公司名称和住所；
２、公司经营范围；
３、公司设立方式；
４、公司股份总数、每股金额和注册资本；
５、发起人的姓名或者名称、认购的股份数、出资方式和出资时间；
６、董事会的组成、职权和议事规则；
７、公司法定代表人；
８、监事会的组成、职权和议事规则；
９、公司利润分配办法；
１０、公司的解散事由与清算办法；
１１、公司的通知和公告办法；
１２、股东大会会议认为需要规定的其他事项。
七、召开创立大会，通过股份有限公司章程，选举公司董事会成员、监事会成员，对公司的设立费用进行审核，对发起人用于抵作股款的财产的作价进行审核等
《公司法》第８９条规定，发起人应当自股款缴足之日起三十日内主持召开公司创立大会。创立大会由发起人、认股人组成。
八、向公司登记机关申请名称预先核准
根据《公司登记管理条例》第１８条的规定，应当由全体发起人指定的代表或者共同委托的代理人向公司登记机关申请名称预先核准。申请名称预先核准，应当提交下列文件：
１、有限责任公司的全体股东或者股份有限公司的全体发起人签署的公司名称预先核准申请书；
２、全体股东或者发起人指定代表或者共同委托代理人的证明；３、国家工商行政管理总局规定要求提交的其他文件；
九、办理登记前置的行政审批程序
按照《公司登记管理条例》第２２条的规定，公司申请登记的经营范围中属于法律、行政法规或者国务院决定规定在登记前须经批准的项目的，应当在申请登记前报经国家有关部门批准，并向公司登记机关提交有关批准文件。因此，如果有限责任公司转制后的股份有限公司的经营范围中存在属于法律、行政法规或者国务院决定规定需前置审批的项目的，则在向公司登记机关申请变更登记为股份有限公司前，需先办理前置行政审批程序。
十、董事会在创立大会结束后三十日内，向公司登记机关报送系列文件，申请变更公司形式为股份有限公司
根据《公司登记管理条例》第３３条的规定，公司变更类型的，应当按照拟变更的公司类型的设立条件，在规定的期限内向公司登记机关申请变更登记，并提交有关文件。由于股份有限公司系由原有限责任公司转制而来，故不同于新设立的股份有限公司的申请设立登记程序，而是按照股份有限公司的设立条件，即依据《公司法》第９２条及《公司登记管理条例》第２１条的规定，向公司登记机构提交公司登记申请书、创立大会的会议记录、公司章程、验资证明、法定代表人、董事、监事的任职文件及其身份证明、发起人的法人资格证明或者自然人身份证明、公司住所证明等文件，申请变更登记。
十一、换发营业执照，并到登记机关办理工商、税务、组织机构代码、银行账号等的变更登记手续。
按照《公司登记管理条例》第３９条的规定，变更登记事项涉及《企业法人营业执照》载明事项的，公司登记机关应当换发营业执照。同时，依据该法第２５条的规定，公司营业执照签发日期为公司成立日期。公司凭公司登记机关核发的《企业法人营业执照》刻制印章，开立银行账户，申请纳税登记。股份有限公司由有限责任公司改制而来的，则换发营业执照之日即为新的股份有限公司成立之日，新公司应凭换发的营业执照刻制印章、办理相关的工商、税务等的变更登记。经过上述，有限责任公司转制为股份有限公司的股份制改造即告完成。
