农村集体土地建的厂房要交税。根据《土地管理法》第四十三条、第五十九条、第六十条、第六十三条，集体建设用地仅限于兴办乡镇企业、村民建设住宅、乡镇村公共设施和公益事业建设等三种使用范围。新建厂房需要缴纳契税、营业税、房产税、城市土地使用税。
建安发票入帐，自建房产自用免交营业税，但企业在建造时需要承建单位到税局开出建筑安装发票，以便企业在厂房竣工时入企业固定资产帐。
营业税，如果今后要将厂房出售，需要按转让固定资产缴纳5%的营业税，另外要按营业税乘以7%缴附城建税，按营业税乘以3%缴教育费附加；按营业税乘2%交地方教育费附加。
《中华人民共和国土地管理法》第四十三条
任何单位和个人进行建设，需要使用土地的，必须依法申请使用国有土地；但是，兴办乡镇企业和村民建设住宅经依法批准使用本集体经济组织农民集体所有的土地的，或者乡（镇）村公共设施和公益事业建设经依法批准使用农民集体所有的土地的除外。
前款所称依法申请使用的国有土地包括国家所有的土地和国家征用的原属于农民集体所有的土地。
