在肇事逃逸的车主购买了机动车强制保险的情况下，保险公司会在机动车强制保险责任的限额范围内赔偿。但是在肇事车辆只投保了商业险以及保险合同中约定了肇事逃逸为免责条款并履行了告知义务的情形下，保险公司是不会赔偿的。
根据2021年实施的《民法典》第一千二百一十六条规定，机动车驾驶人肇事逃逸的，保险公司在交强险的范围内应当进行赔偿。在机动车不明、该机动车未参加强制保险或者抢救费用超过机动车强制保险责任限额的情况下，需要支付被侵权人人身伤亡的抢救、丧葬等费用的，道路交通事故社会救助基金进行垫付。在道路交通事故社会救助基金垫付后，其管理机构有权向交通事故责任人追偿。
《民法典》第一千二百一十六条
机动车驾驶人发生交通事故后逃逸，该机动车参加强制保险的，由保险人在机动车强制保险责任限额范围内予以赔偿；机动车不明、该机动车未参加强制保险或者抢救费用超过机动车强制保险责任限额，需要支付被侵权人人身伤亡的抢救、丧葬等费用的，由道路交通事故社会救助基金垫付。道路交通事故社会救助基金垫付后，其管理机构有权向交通事故责任人追偿。
