《城市房屋拆迁管理条例》第三十条规定：“拆迁设有抵押的房屋，依照国家有关担保的法律执行。”按照目前法律规定的拆迁补偿的两种方式，拆迁设有抵押权的房屋具体操作也有不同。
1.抵押房屋拆迁采用货币补偿的方式操作 如果抵押房屋拆迁，选用了货币补偿方式，应当先由抵押权人和抵押人协商重新设立抵押权或者先偿还债务，使抵押房屋原有的抵押权消失，
被拆迁人方能向拆迁人领取补偿金;如果抵押人和抵押权人不能订立新的抵押协议或者不能清偿到期债务，拆迁人有权暂不支付拆迁补偿金。按照合同法的相关规定，拆迁人和被拆迁人都有及时通知抵押权人的义务。有的地方则有具体规定，对没有在拆迁期限内与抵押权人重新设立抵押或者清偿原债务的，对其补偿款由拆迁人交公证机关或房屋拆迁管理部门提存或代保管。 对货币补偿的抵押房屋拆迁，需要做以上规定，是因为所得的赔偿金应属于抵押财产。根据这条规定，房屋抵押权因房屋被拆迁而消灭，其补偿作为抵押财产使抵押权人的合同权益得到保障，担保的法律意义得到体现。
2.抵押房屋拆迁采用产权调换方式的操作 如果被拆迁人在抵押房屋拆迁时，选用了产权调换方式，其补偿操作应注意以下两点：
(1)抵押人和抵押权人应当就产权调换后的房屋作为房屋抵押物而重新签订
抵押合同。新的抵押合同必须依法成立并登记生效。否则，拆迁人不得与被拆迁人订立拆迁补偿安置协议，即使订立也因违反担保法的规定而无效。
(2)抵押权人与抵押人在拆迁期限内达不成新的抵押协议的，该房屋视为产权有争议的房屋，由拆迁人提出拆迁
补偿安置方案，报房屋拆迁管理部门审核同意后实施拆迁。拆迁前，房屋拆迁管理部门应当组织拆迁人对被拆迁房屋作勘察记录，并由拆迁人向公证机关办理证据保全。 抵押房屋拆除未达成新的抵押协议，一般情况下是被拆迁人方面的原因居多，主要是原抵押合同持有异议。对此，抵押权人应及时提起诉讼，避免债权落空。当然也有被拆迁人主动起诉，要求法院确认原抵押合同无效或撤销原抵押合同，维护自身之合法权益。 在建工程拆迁纠纷的处理 实践中，抵押房屋中还有一种十分特殊的情况，就是开发商开发的房屋尚未竣工就遇上拆迁的情况。而在建工程除向银行贷款作为抵押外，还可能存在拖欠了工程款和已预售的情况，对该种房屋拆迁产生纠纷的处理必须按照《
中华人民共和国合同法》第二百八十六条和相应的司法解释来处理。 《中华人民共和国合同法》第二百八十六条规定：“发包人未按照约定支付价款的，承包人可以催告发包人在合理期限内支付价款。发包人逾期支付的，除按照建设工程的性质不宜折价、拍卖的以外，承包人可以与发包人协议将该工程折价，也可以申请人民法院将该工程拍卖。建设工程的价款就该工程折价或者拍卖的价款优先受偿。”对此，最高人民法院亦有相应的司法解释。在建工程遇上拆迁时，无须折价拍卖，也是按市场估价计算补偿金额，但该在建工程的补偿款应按下列顺序处理：
1.如果该建工程尚欠施工单位的工程款，在拆迁补偿时，该补偿金，施工单位有优先受偿权，而不能给先支付抵押权人或抵押人。
2.如果该在建工程不欠施工单位的工程款，但既已抵押，又已预售。作为购买房屋(在建工程)的购房者，其善意购买的行为受法律保护，如已付清全部或大部分房款后，遇上拆迁，其已付购房款应在拆迁补偿金额中优先退还。
3.如果该在建工程既不欠施工单位的工程款，也未向社会发售，那么除非抵押人与抵押权人协商重新设立抵押权，否则该拆迁补偿款应优先偿还银行的借款本息。否则拆迁人将与被拆迁人连带清偿原抵押借款的本息。
