根据我国公司法以及工商管理部门的规定，有限公司股权变更登记流程是：
1、公司受让股权召开公司股东会，研究收购股权的可行性，分析收购股权的目的是否符合公司的战略发展，并对收购方的经济实力经营能力进行分析，严格按照公司法的规定程序进行操作。
2、聘请律师进行律师尽职调查。
3、出让和受让双方进行实质性的协商和谈判。
4、评估、验资(私营有限公司也可以协商确定股权转让价格)。
5、股权转让的公司召开股东会，并形成股东会决议，免去转让方股东的相关职务，表决比例和表决方式按照原来公司章程的规定进行，参加会议的股东在《股东会决议》上签字盖章。
6、向股东以外的第三人转让股权的，由转让股权的股东向公司董事会提出申请，由董事会提交股东会讨论表决;股东之间转让股权的，不需经过股东会表决同意，只要通知公司及其他股东即可。股东对股权转让给第三方放弃优先购买权，出具放弃优先购买权的承诺或证明。
7、双方签订股权转让协议，对转让股权的数额、价格、程序、双方的权利和义务做出具体规定，使其作为有效的法律文书来约束和规范双方的行为。
8、需要召开新股东会议，经过新股东会表决同意，任命新股东的相关职务，表决比例和表决方式按照公司章程的规定进行，参加会议的股东在《股东会决议》上签字盖章。讨论新的公司《章程》，通过后在新的公司《章程》上签字盖章。
9、收回原股东的出资证明，发给新股东出资证明，对公司股东名册进行变更登记，注销原股东名册，将新股东的姓名或名称，住所地及受让的出资额记载于股东 名册，并相应修改公司章程。但出资证明书作为公司对股东履行出资义务和享有股权的证明，只是股东对抗公司的证明，并不足以产生对外公示的效力。
10、将新修改的公司章程，股东及其出资变更等向工商行政管理部门进行工商变更登记。《公司登记管理条例》规定，有限责任公司股东转让股权的，应当自转让股权之日起30日内申请变更登记，并应当提交新股东的主体资格证明或者
自然人身份证明。
