城中村改造和棚户区改造的区别有性质不同以及拆迁补偿不同。棚户区改造房不可以办理过户，需要被安置人持住房满五年之后，办理完相关手续之后才可以自由买卖过户。
棚户区改造与城中村改造拆迁补偿的区别有：
1.性质不同：
棚户区，指城市建成区仍然存在的、属于棚户区性质的区域。其范围内，既有国有土地性质的房屋，也有集体土地性质的房屋。
城中村，它的土地使用权性质为集体土地，居民户籍是农村户口。
2.拆迁补偿差异：
因棚户区位于城市规划区内，所以不论是国有土地上的房屋，还是集体土地上的房屋，在实践中，往往依照国有土地上房屋征收补偿的标准，进行补偿。
找法网提醒您，城中村的建筑，大多建设在自家的宅基地上，有着完整的土地使用权和部分房屋产权。其在城中村改造项目中，其村民往往能够得到较多的补偿。方式依各地的不同，可有：产权置换、货币补偿及二者结合三种。
棚户区改造房不可以办理过户，这类房屋土地属于安置房性质，被安置人持住房满五年之后，缴纳房主名义的土地出让金和契税等税费，办理下原房主名义正规商品房的房产证，契税证，土地证之后，此时住房为正规商品房，就可以自由买卖过户。
1.政府棚户区改造公司根据棚户区改造项目立项批准文件，申请土地使用权划拨，由国土资源部门报市人民政府批准，将收回的土地使用权划拨给棚户区改造公司。
2.划拨土地使用权经批准后，区人民政府负责调度资金组织拆迁补偿安置工作，实行资金封闭运行。
3.项目拆迁安置补偿完毕后，由棚户区改造公司申请，国土资源部门报市人民政府批准，依法组织土地供应。
4.因特殊原因未能完成拆迁需要提前进行土地出让或确需进行捆绑出让的项目，由区人民政府制定实施方案报市人民政府批准后，可以采取生地出让或捆绑方式出让，由国土资源部门依法组织出让。
