小规模纳税人账务处理的注意事项包括根据税法的规定在日常核算中做到票据、资金流和物流的真实核对，如果没有取得发票也需要根据其他可靠凭证进行账目申报，企业开具发票必须根据开票规范要求进行，及时关注国家税收优惠政策的调整。
小规模企业与一般纳税人的最大区别，在于小规模企业购进货物或者服务时取得的发票不能抵减其销售时应缴的销项税金。其他的不同，无非是税率不同，或者开具专用发票的方式而已(大部分小规模纳税人不能自行开具专用发票，目前仅在住宿业小规模企业进行专用发票自行开具试点)。
这就要求，小规模企业在日常核算中，必须严格遵守税法的相关规定，严格掌控采购与销售两个环节的发票，做到“真票、真款、真货”的“三真”，而且，要保持“票流、资金流、物流”的“三流合一”。
小规模企业要严格核算企业所得税，如果购进货物或者服务无法取得发票，为了不缴或者少缴企业所得税，完全用费用冲减收入，在检查时，将被视为假账，需要进行所得税调整。同时，因为无法取得上游企业的发票，造成上游企业的偷漏税，也应该接受处罚。小规模企业不是法外之地，企业主和财务人员一定要重视。
小规模企业所取得的和开出的发票，同样纳入了税务机关金税三期的大数据监控中，因此，企业不仅要取得采购发票，而且要取得符合税务机关开具要求的合格发票；开具发票，也要遵守发票开具规范要求，不能随意随性，譬如销货清单就应该严格在税控系统内开具，而不是手写清单或者脱离税控系统单独制作销货清单。
小规模企业的财务人员，应该充分利用国家给与小规模企业的众多优惠政策，严格遵守国家各种法规，做一个称职的财务人员。
核定征收所得税，主要是根据你的应税收入额或成本(费用)支出额来确定的，从税务实践方面来看主要是以应税收入额来确定;而应税收入无非是看发票所开具金额数目，或在账务上面做了多少，不过一定会与开具发票来比对，也有可能还会与取得的发票、进货单据之类的凭证进行比对来确定你的应税收入额。
核定征收所得税的计算公式是：
(一)应纳税所得额=应税收入额×应税所得率或应纳税所得额
=成本(费用)支出额/(1-应税所得率)×应税所得率
(二)应纳所得税额=应纳税所得额×适用税率
因此，根据主管税务机关核定的所得率(会以“核定所得率通知书”的形式送达公司)，计算缴纳所得税
（一）国税：
1、按月申报：《小规模纳税人增值税申报表》;
2、按季申报：《中华人民共和国企业/公司所得税月(季)度预缴纳税申报表》——(B类);
（二）地税：
1、按月申报：城建税、教育费附加、地方教育费附加应当是以综合申报表的方式，(即一个申报表申报多个税种);
2、按月申报：《个人所得税纳税申报表》和《扣缴个人所得税报告表》;主要是代扣代缴员工的个人所得税用。
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