土地流转后补偿费归集体组织所有。补偿中的青苗补偿款归青苗的所有者所有。补偿中的地上附着物补偿费归附着物所有人所有。农村土地流转的方式有土地互换，土地出租，土地入股，宅基住房，股份合作。
土地流转后补偿费归归农村集体经济组织所有；地上附着物及青苗补偿费归地上附着物及青苗的所有者所有。
根据《最高人民法院关于审理涉及农村土地承包纠纷案件适用法律问题的解释》规定，承包方已将土地承包经营权以转包、出租等方式流转给第三人的，除当事人另有约定外，青苗补偿费归实际投入人所有，地上附着物补偿费归附着物所有人所有。因此土地补偿费归村集体所有，安置补助费归安置单位所有，青苗补偿费归实际投入人所有，地上附着物补偿费归附着物所有人所有。
找法网提醒您，农村土地流转的方式有：
1.土地互换：土地流转试点互换土地，是农村集体经济组织内部的农户，为方便耕种和各自的需要，对各自土地的承包经营权进行的简单交换，是促进农村规模化、产业化、集约化经营的必由之路。
2.土地出租：在市场利益驱动和政府引导下，农民将其承包土地经营权出租给大户、业主或企业法人等承租方，出租的期限和租金支付方式由双方自行约定，承租方获得一定期限的土地经营权，出租方按年度以实物或货币的形式获得土地经营权租金。其中，有大户承租型、公司租赁型、反租倒包型等。
3.土地入股：入股，亦称“股田制”或股份合作经营，是指在坚持承包户自愿的基础上，将承包土地经营权作价入股，建立股份公司。
4.宅基住房：宅基地换住房，承包地换社保以重庆为例，国家批准为统筹城乡综合配套改革试验区后，在土地改革领域率先进行大胆探索，创造了土地流转的九龙坡模式即宅基地换住房、承包地换社保。
5.股份合作：农户以土地经营权为股份共同组建合作社。
土地流转时必须遵循的原则有：公开、公平、公正的原则；遵守法律、法规，保护土地资源的原则；保护双方当事人的合法权益的原则；本集体经济组织成员享有优先权的原则；不得改变土地所有权的性质和土地的农业用途的原则；保护土地经营权依法流转的原则。
