普通发票税率1%和3%的区别不大，主要是优惠的幅度不同。普通发票税率在百分之六以上的可以进行进项抵扣。普通发票是由纳税义务人使用，包括商品或者劳务的数量和计量单位、单价和价款、开票单位、收款人、开票日期等内容的票据。
普通发票3%是不能做进项抵扣的，6%是现代服务业的一般纳税人税率，可以进行进项抵扣。
增值税专用发票超过了自开票日期180天的，就不能再抵扣进项税款了，属于滞留票，滞留票要写出详细的滞留原因，无正当理由不抵扣进项税的要补交滞留票中所含的税金及滞纳金，情节严重的有可能还要停止使用增值税专用发票，交回金税盘。
1、增值税专用发票是由国家税务总局监制设计印制的，只限于增值税一般纳税人领购使用的，既作为纳税人反映经济活动中的重要会计凭证又是兼记销货方纳税义务和购货方进项税额的合法证明；是增值税计算和管理中重要的决定性的合法的专用发票。
2、实行增值税专用发票是增值税改革中很关键的一步，它与普通发票不同，不仅具有商事凭证的作用，由于实行凭发票注明税款扣税，购货方要向销货方支付增值税。它具有完税凭证的作用。更重要的是，增值税专用发票将一个产品的最初生产到最终的消费之间各环节联系起来，保持了税赋的完整，体现了增值税的作用。
1、发票的印制要求不同：增值税专用发票由国务院税务主管部门指定的企业印制；其他发票，按照国务院主管部门的规定，分别由省、自治区、直辖市国家税务局、地方税务局指定企业印制。未经前款规定的税务机关指定，不得印制发票。
2、发票使用的主体不同：增值税专用发票一般只能由增值税一般纳税人领购使用，小规模纳税人需要使用的，只能经税务机关批准后由当地的税务机关代开；普通发票则可以由从事经营活动并办理了税务登记的各种纳税人领购使用，未办理税务登记的纳税人也可以向税务机关申请领购使用普通发票。
3、发票的内容不同：增值税专用发票除了具备购买单位、销售单位、商品或者服务的名称、商品或者劳务的数量和计量单位、单价和价款、开票单位、收款人、开票日期等普通发票所具备的内容外，还包括纳税人税务登记号、不含增值税金额、适用税率、应纳增值税额等内容。
4、发票的作用不同：增值税专用发票不仅是购销双方收付款的凭证，而且可以用作购买方扣除增值税的凭证；而普通发票除运费、收购农副产品、废旧物资的按法定税率作抵扣外，其他的一律不予作抵扣用。
1、有固定生产经营场所，财务和发票管理制度健全，自觉依法纳税且年普通发票使用量在1000本以上的增值税一般纳税人，确需申请印有企业名称普通发票的，按照严格控制，从严审批的原则，经主管国税机关同意，县(市)国税局审核，省辖市国税局批准后到指定印刷厂印刷，并由主管国税机关集中保管，限量供应。
2、企业必须按照省局规定的统一票样印制普通发票，个别纳税户因特殊需要确需改变统一发票票样的，由省辖市国税局报省局批准。
3、企业申请自印的发票，原则上一次印刷不得超过一年的使用量。
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