公司办理食品经营许可证的流程是，向市场监督管理局提交健康证，设备布局，工艺流程资料，许可申请书，符合法律法规和食品安全标准的，发给食品经营许可证。
公司办理食品经营许可证的流程如下：
1.前往市场监督管理局提交许可申请；
2.提交食品安全规章制度，食品安全管理人员的健康证，设备布局和工艺流程的资料等材料；
3.经审查后，符合条件的，准予许可。
国家对食品生产经营实行许可制度。从事食品生产、食品销售、餐饮服务，需要依法取得许可。但是销售食用农产品和仅销售预包装食品的，不用取得许可。只销售预包装食品的，需要报所在地县级以上地方人民政府食品安全监督管理部门备案。
食品经营许可证应当载明：经营者名称、社会信用代码（个体经营者为身份证号码）、法定代表人（负责人）、住所、经营场所、主体业态、经营项目、许可证编号、有效期、日常监督管理机构、日常监督管理人员、投诉举报电话、发证机关、签发人、发证日期和二维码。在经营场所外设置仓库（包括自有和租赁）的，还应当在副本中载明仓库具体地址。
找法网提醒您，食品经营者需要延续依法取得的食品经营许可的有效期的，应当在该食品经营许可有效期届满30个工作日前，向原发证的食品药品监督管理部门提出申请。
食品经营者申请延续食品经营许可，应当提交下列材料：
1.食品经营许可延续申请书；
2.食品经营许可证正本、副本；
3.与延续食品经营许可事项有关的其他材料。
县级以上地方食品药品监督管理部门应当根据被许可人的延续申请，在该食品经营许可有效期届满前作出是否准予延续的决定。
县级以上地方食品药品监督管理部门应当对变更或者延续食品经营许可的申请材料进行审查。
申请人声明经营条件未发生变化的，县级以上地方食品药品监督管理部门可以不再进行现场核查。
