旷工离职不会被记录在个人档案中。一般的单位也没有档案代理权。旷工离职给开离职证明，可以避免双重的劳动关系，离职后要在规定的时间内办理档案和社会保险关系转移手续。
旷工离职不会被记录在个人档案中。现在是市场经济，档案的作用不大。并且，一般的用人单位是无档案代理权的。
法律依据：《劳动合同法》第三十九条 劳动者有下列情形之一的，用人单位可以解除劳动合同：
（一）在试用期间被证明不符合录用条件的；
（二）严重违反用人单位的规章制度的；
（三）严重失职，营私舞弊，给用人单位造成重大损害的；
（四）劳动者同时与其他用人单位建立劳动关系，对完成本单位的工作任务造成严重影响，或者经用人单位提出，拒不改正的；
（五）因本法第二十六条第一款第一项规定的情形致使劳动合同无效的；
（六）被依法追究刑事责任的。
旷工离职给开离职证明。旷工是职工在正常工作日不请假或请假未批准的缺勤行为，劳动者是可以要求开离职证明的，而新公司要离职证明则是为了避免形成双重劳动关系。根据法律规定，用人单位应当在解除或者终止劳动合同时出具解除或者终止劳动合同的证明，并在十五日内为劳动者办理档案和社会保险关系转移手续。劳动者应当按照双方约定，办理工作交接。用人单位依照本法有关规定应当向劳动者支付经济补偿的，在办结工作交接时支付。用人单位对已经解除或者终止的劳动合同的文本，至少保存二年备查。
旷工一天扣三天工资不合法，侵犯了劳动者劳动报酬权。找法网提醒您，员工工作一天可获得一天的工资，缺勤一天，公司可不支付当天工资。但公司规定扣3天工资，多扣的两天工资显然是其他正常工作日的工资，这就涉嫌克扣工资了。
法律依据：
《劳动法》第50条规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
