年终奖扣税两种方式是当月工资高于5000元时的扣税方式以及当月工资低于5000元时的扣税方式。员工休年假期间被辞退申请仲裁的时效是1年，时效从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。
年终奖扣税两种方式是：
1.发放年终奖的当月工资高于5000元时，年终奖扣税方式为：年终奖*税率-速算扣除数，税率是按年终奖/12作为“应纳税所得额”对应的税率。
2.当月工资低于5000元时，年终奖个人所得税=（年终奖-（5000-月工资））*税率-速算扣除数，税率是按年终奖-（5000-月工资）除以12作为“应纳税所得额”对应的税率。
员工休年假期间被辞退申请仲裁的时效是1年，仲裁时效期内从当事人了解或理应了解其支配权被损害之日起计算。
《劳动争议调解仲裁法》第二十七条规定，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。仲裁时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。
前款规定的仲裁时效，因当事人一方向对方当事人主张权利，或者向有关部门请求权利救济，或者对方当事人同意履行义务而中断。从中断时起，仲裁时效期间重新计算。
因不可抗力或者有其他正当理由，当事人不能在本条第一款规定的仲裁时效期间申请仲裁的，仲裁时效中止。从中止时效的原因消除之日起，仲裁时效期间继续计算。
找法网提醒您，工资组成中包含年终奖金，如果企业的《员工手册》或者《劳动合同书》中有确定的年终奖数额，公司应当按时足额发放。根据国家统计局《关于工资总额组成的规定》，工资总额是指各公司在一定时期内直接支付给本单位全部职工的劳动报酬总额，其中奖金一项包括生产奖等。对于生产奖的范围，根据国家统计局《若干具体范围的解释》，主要包括超产奖、质量奖、年终奖（劳动分红）等。
