1、去公司所在的区科委领取技术开发合同的标准样本，或者去市技术市场管理办公室的网站下载。
2、根据双方已经订立的合同为依据填写标准样本合同并双方签字和盖章(若双方订立的合同是英文需要专门翻译机构翻译成中文后加盖翻译章)。
3、递交填写好的样本合同同时把双方订立的原始合同作为附件。
4、大约五个工作日左右会得到科委的批复，若通过认证，则取得一张技术开发合同的登记证明。
5、立马可以将得到科委认证的合同和登记证明递交到上海市技术市场管理办公室。
6、大约十天左右可以得到批复，若通过，则在合同上会印有“上海市技术市场管理办公室的合同认定章”。
7、此时已经证明此合同属于技术开发合同，可以去相关税务部门申请免营业税。
8、去税务局购买印花税(总金额的万分之三)贴在合同规定处。
9、去专管员处领取申请免税的清单和资料(可以免除5%的营业税和相应的附加税)提交申请后十天左右即可得到税务局的最终批复(此过程中材料相对简单)。
10、当得到最终认定免税的通知后，即可开具发票给客户，并在当月申报过程中填写免税金额，以抵消税款。
技术合同登记备案到当地的科学技术行政部门办理，我国法律上明确规定了科学技术部管理全国技术合同认定登记工作。
各省、自治区、直辖市和计划单列城市设立的技术合同登记机构，负责办理技术合同的认定登记。
各省、自治区、直辖市和计划单列城市人民政府设立技术市场管理机构的，技术合同认定登记的日常工作可以由该机构负责管理和指导。
(1)《技术合同认定登记管理办法》规定，通过技术合同认定登记，可以享受国家有关促进科技成果转化规定的税收、信贷和奖励等方面的优惠政策。未申请认定登记和未予登记的技术合同不得享受。
(2)通过技术合同认定登记，可以加强国家对技术市场和科技成果转化工作的指导、管理和服务，使技术交易更加规范，减少技术交易纠纷的产生，净化技术市场环境。
(3)通过技术合同认定登记，可以加强国家对技术市场的统计和分析工作，为政府制定政策提供依据。
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