当事人因为运输合同发生纠纷，除协商或仲裁机构申请仲裁的，如果提起诉讼，根据我国《中华人民共和国民法典》规定，管辖法院的确定为：“因铁路、公路、水上、航空运输和联合运输合同纠纷提起的诉讼，由运输始发地、目的地或者被告住所地人民法院管辖。”也就是说上述三个地方的法院有管辖权，可以选择适用。
如果当事人向这些法院都提起了诉讼，根据《中华人民共和国民法典》规定：“两个以上人民法院都有管辖权的诉讼，原告可以向其中一个人民法院起诉；原告向两个以上有管辖权的人民法院起诉的，由最先立案的人民法院管辖。”
根据2011年新修订的《印花税暂行条例》，货物运输合同，立合同人需要按照运输费用的0.5‰缴纳印花税。货物运输包括民用航空运输、铁路运输、海上运输、内河运输、公路运输和联运合同。货物运输合同是按运输费用金额来计算，即使没有合同，有运费发票(包括国际货运发票)也要缴纳印花税，而且按发票全额计算印花税，不扣除进项税部分。但是运费发票中记载的装卸费、保险费等可以在计算印花税时扣除，例如一张运费发票中注明运费500，装卸费100，保险费50，则按500计算印花税。应纳税额不足1角的，免纳印花税。应纳税额在1角以上的，其税额尾数不满5分的不计，满5分的按1角计算缴纳。
所谓雇佣关系，是指雇工提供自己的劳动力为雇主完成一定行为，雇主根据完成的行为给付相应的劳动报酬的民事法律关系。《中华人民共和国民法典》的规定，“运输合同是承运人将旅客或者货物从起运地点运输到约定地点，托运人或收货人支付票款或者运输费用的合同。”
其一，两者的标的不同。雇佣活动是指从事雇方授权或指示范围内的生产经营活动或者其他劳务活动。雇佣关系的标的注重雇工无形的劳务给付，以供给劳务本身为目的，偏重于劳动者出卖劳动力的行为。而运输合同关系的标的物是货物或是旅客，其表现为物化的劳动成果，重在有形工作量的完成，以提供通过劳动产生的工作成果为目的。
其二，两者取得报酬的方式不同。在雇佣关系中，雇员的报酬体现为工资，由于雇主与雇员之间的关系较为稳定、长期，具有一定的持续性，因此雇员取得报酬的方式也比较固定，呈周期性，通常按劳动时间来计算报酬，一般是按星期或月来结算。而运输合同中，承运人获取的报酬是运费，纯粹是按物化的劳动成果来计算报酬，通常按趟次、运量来结算，且多为一次性付清。
其三，两者主体之间的关系不同。在雇佣活动中，雇主有权对雇员的劳务活动进行监督，受雇人要受雇主指示的约束，双方之间存在着一种监督与被监督、管理与被管理的隶属关系，地位不平等的色彩较为强烈。但在运输合同中，托运人无权对承运人的运送行为进行监督，托运人追求的结果是货物能够按期安全抵达，承运人只需按时运送、按地点运送以及安全运送至目的地即完成合同义务，至于承运人采取何种运送方式，以及运送路线等，除托运人有特殊要求外，承运人有权自主选择。
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