依据我国相关法律的规定，货物运输合同是可以约定管辖的，但约定管辖只能在运输始发地、目的地或者被告住所地人民法院之间约定。
《中华人民共和国民事诉讼法》第二十七条 运输合同纠纷管辖
因铁路、公路、水上、航空运输和联合运输合同纠纷提起的诉讼，由运输始发地、目的地或者被告住所地人民法院管辖。
1、当事人协议管辖的案件，包括合同或者其他财产权益纠纷。
2、当事人协议选择管辖法院的范围，包括可以选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院管辖。如果当事人选择了与合同没有实际联系地点的人民法院，该协议无效。合同签订地是指合同双方在书面合同上签字和盖章的地点。例如，广东某厂与黑龙江某厂在北京签订购销合同，北京为合同签订地。标的物所在地是指标的物存放的地点。例如，上海某厂与大同某厂签订的购销合同，合同约定履行地为大同火车站，货物由上海装船运至秦皇岛港时发生纠纷，因货物在秦皇岛港，秦皇岛港为标的物所在地。
3、必须以书面协议选择管辖，包括书面协议可以采取合同书的形式，包括书面合同中的协议管辖条款，也可以采取信件和数据电文(包括电报、电传、传真、电子数据交换和电子邮件)等可以有形地表现当事人双方协议选择管辖法院意思表示的形式。或者是诉讼前双方当事人达成的管辖协议，口头协议无效。
4、当事人必须进行确定的、单一的选择。当事人必须在上述五个法院中选择其一。
5、协议管辖不得违反民事诉讼法关于级别管辖和专属管辖的规定。
１、协商
运输合同纠纷出现后，大多数情况下，合同当事人双方会考虑到多年良好的合作关系和商业因素，互相退一步，争取友好协商调解，在此基础上达成和解协议，解决纠纷。这是最佳的方式。
２、调解
但也会有一部分纠纷经过双方较长时间协商还是无法解决的，可以要求有关机构调解，如果一方或双方是国有企业的，可以要求上级机关进行调解。上级机关应在平等的基础上分清是非进行调解，而不能进行行政干预。当事人还可以要求合同管理机关、仲裁机构、法庭等进行调解。
３、仲裁
合同当事人协商不成，不愿调解的，可根据合同中规定的仲裁条款或双方在纠纷发生后达成的仲裁协议向仲裁机构申请仲裁。仲裁是一种重要的纠纷解决手段。
４、诉讼
如果合同中没有订立仲裁条款，事后也没有达成仲裁协议，则通过法院进行诉讼是解决纠纷最终的途径。运输合同纠纷可以按照我国的诉讼程序，由一方或双方向有管辖权的法院起诉，然后由法院根据适用法律和事实进行审理，最后作出判决。
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