合同中的付款方式各行业之间既有相同的部分，如订金和预付款。也有不同的地方，如质保金，尾款的结算。
合同中付款方式是以哪一种形式付款需要写清楚。是现金，银行转账，或是支票，再或者是承兑汇票。一般公司都喜欢银行转账，安全可靠。最不愿意选的是承兑汇票，手续复杂而且到款时间周期太长。
其次合同中的付款方式是分几个阶段完成的也要写清楚。一般的运输合同，需付订金或预付款30%-50%，验收后再付余下的部分。
运输合同是承运人将旅客或货物运到约定地点，旅客、托运人或收货人支付票款或运费的合同。
运输合同的特征有：
1、运输合同是有偿的、双务的合同；
2、运输合同的客体是指承运人将一定的货物或旅客到约定的地点的运输行为；
3、运输合同大多是格式条款合同。
１、协商
运输合同纠纷出现后，大多数情况下，合同当事人双方会考虑到多年良好的合作关系和商业因素，互相退一步，争取友好协商调解，在此基础上达成和解协议，解决纠纷。这是最佳的方式。
２、调解
但也会有一部分纠纷经过双方较长时间协商还是无法解决的，可以要求有关机构调解，如果一方或双方是国有企业的，可以要求上级机关进行调解。上级机关应在平等的基础上分清是非进行调解，而不能进行行政干预。当事人还可以要求合同管理机关、仲裁机构、法庭等进行调解。
３、仲裁
合同当事人协商不成，不愿调解的，可根据合同中规定的仲裁条款或双方在纠纷发生后达成的仲裁协议向仲裁机构申请仲裁。仲裁是一种重要的纠纷解决手段。
４、诉讼
如果合同中没有订立仲裁条款，事后也没有达成仲裁协议，则通过法院进行诉讼是解决纠纷最终的途径。运输合同纠纷可以按照我国的诉讼程序，由一方或双方向有管辖权的法院起诉，然后由法院根据适用法律和事实进行审理，最后作出判决。
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