合同专用章和公章的效力是一样的，但是合同专用章的使用范围更窄，实践中有的公司并没有合同专用章，是直接在合同上盖所在公司的公章。
（一）合同专用章
合同专用章，是指在合同上加盖合同专用章是指合同当事人经过协商，在达成的书面合同上各自加盖本公司的合同专用印章的行为 。
（二）公章
公章是指机关、团体、企事业单位使用的印章。 由于公安部对办理刻制印章的手续未作统一规定，所以各地公安机关对刻制印章手续的规定有所不同。根据刻制印章的种类不同，手续也不一样。
从法律上说，公司公章与公司合同专用章在合同签署的效力方面没有差异，公司之所以在公章之外，还另行刻制合同专用章，主要原因如下：
1、因为公司公章与公司合同专用章在使用与管理上存在区别。
第一、二者的管理部门不同。公司合同专用章的管理部门一般为法律部门，公司公章的管理部门一般为公司的综合管理部门。
第二、用途范围及效力不同。公司合同专用章专用于合同的签订，其效力仅限于合同签订。公章则具有代表公司的功能，其效力除了合同的签订以外，还可涉及及于公司一切事务，如文件、通知及证明等，具有行政管理作用。
2、因为公司的合同工作具有常规性、专业性、使用合同专用章可以实现合同的专项管理，更好地控制合同风险。
因此公司在签订合同时加盖合同专用章，可以使得合同生效经过法律部门人员的审查把关，能够有效防止合同不经法律审查就直接对外签订生效问题的出现，能够更好的建立和完善合同避险制度，严格把控合同签订时的法律风险。
合同专用章有法律效力。根据法律规定，合同章一般代表合同的效力，而法人章可以认定为法人的签名，法人的签名也是代表合同效力的一种形式，一份合同当中既有合同章，又有法人章，并不影响合同的效力。此份合同有法律效力。合同专用章，单位对外签订合同时使用，可以在签约的范围内代表单位，单位需承受由此导致的权利义务；公章可以代替合同专用章使用。而关于合同专用章和公章的效力高下，实际上在使用过程中和司法实践中是一样的，对合同和协议而言具有同等法律效力。
根据《民法典》有关规定，第四百九十条：【合同成立时间】当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。在签名、盖章或者按指印之前，当事人一方已经履行主要义务，对方接受时，该合同成立。
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