首先看是否有合法有效的约定管辖的协议，如果有的话，则协议约定的法院有管辖权;如果没有约定，则根据法定管辖来确定管辖法院，即被告住所地法院肯定有管辖权。如果合同已经履行的，则合同履行地法院有管辖权，如果合同未履行，双方约定的合同履行地在合同任何一方住所地的，此约定的合同履行地法院有管辖权，否则合同履行地法院无管辖权。
如果合同没有实际履行，当事人双方住所地又都不在合同约定的履行地的，应由被告住所地人民法院管辖。
因铁路、公路、水上、航空运输和联合运输合同纠纷提起的诉讼，由运输始发地、目的地或者被告住所地法院管辖。
根据我国《民事诉讼法》第34条的规定，合同或者其他财产权益纠纷的当事人可以书面协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院管辖，但不得违反本法对级别管辖和专属管辖的规定。
根据我国《民事诉讼法》第二十八条的规定，因铁路、公路、水上、航空运输和联合运输合同纠纷提起的诉讼，由运输始发地、目的地或者被告住所地人民法院管辖。
根据我国《民事诉讼法》第三十条的规定，因铁路、公路、水上和航空事故请求损害赔偿提起的诉讼，由事故发生地或者车辆、船舶最先到达地、航空器最先降落地或者被告住所地人民法院管辖。
因此，判断运输合同的管辖时，首先应当判定所发生的纠纷时侵权纠纷还是合同纠纷，如果是合同纠纷，适用第二十八条的规定；如果是侵权纠纷，则适用第三十条的规定。
当事人因为运输合同发生纠纷，除协商或仲裁机构申请仲裁的，如果提起诉讼，根据我国《中华人民共和国民法典》规定，管辖法院的确定为：“因铁路、公路、水上、航空运输和联合运输合同纠纷提起的诉讼，由运输始发地、目的地或者被告住所地人民法院管辖。”也就是说上述三个地方的法院有管辖权，可以选择适用。
如果当事人向这些法院都提起了诉讼，根据《中华人民共和国民法典》规定：“两个以上人民法院都有管辖权的诉讼，原告可以向其中一个人民法院起诉；原告向两个以上有管辖权的人民法院起诉的，由最先立案的人民法院管辖。”
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