电子合同章的法律效力，在于认定为使用该合同章一方签订合同的意思表示，当事人盖章后，合同成立。根据《民法典》第四百九十条规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。在签名、盖章或者按指印之前，当事人一方已经履行主要义务，对方接受时，该合同成立。法律、行政法规规定或者当事人约定合同应当采用书面形式订立，当事人未采用书面形式但是一方已经履行主要义务，对方接受时，该合同成立。
（一）电子印章的申请使用
电子印章的组织（或个人）首先需要到电子印章（管理）中心（平台）申请电子印章，在履行完正常手续并确认无误、合法的情况下，为申请者制作电子印章，并将制作好的电子印章导入特定的存储介质，如USB-Key或IC卡等，并提交给申请者。
（二）电子印章客户端系统
电子印章产品提供商给用户提供电子印章的同时，还会提供一套电子印章客户端系统。这套系统应该安装在电子印章保管者所使用的终端电脑中。电子印章客户端系统的主要作用就是用于进行盖章、验章以及电子印章管理等功能。
根据电子签名法，盖过合同章的电子合同档案可以作为法律依据的。
如果是合同书的，应该由当事人签字或者盖章才生效，如果是电子合同的，是可以用可靠的数字签名签字的，具有同等的法律效力。
第十三条，电子签名同时符合下列条件的，视为可靠的电子签名：
（一）电子签名制作数据用于电子签名时，属于电子签名人专有;
（二）签署时电子签名制作数据仅由电子签名人控制;
（三）签署后对电子签名的任何改动能够被发现;
（四）签署后对数据电文内容和形式的任何改动能够被发现。
当事人也可以选择使用符合其约定的可靠条件的电子签名。
第十四条，可靠的电子签名与手写签名或者盖章具有同等的法律效力。
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