（一）转让双方之间的股权转让合同纠纷，如请求履行转让合同，请求支付股权转让款并赔偿损失(或支付违约金)，或者请求解除转让合同，请求认定转让合同无效，等等。这类纠纷主要适用《民法典》的相关规定进行审理，同时个案审理也要兼顾修改后的《公司法》的特别规定及原则。
（二）涉及保护公司内部其他股东优先购买权的诉讼纠纷案件。
例如，《公司法》第72条第2款规定，“股东向股东以外的人转让股权，应当经其他股东过半数同意。股东应就其股权转让事项书面通知其他股东征求同意，其他股东自接到书面通知之臼起满三十日未答复的，视为同意转让。其他股东半数以上不同意转让的，不同意的股东应当购买该转让的股权;不购买的，视为同意转让。”但关于购买价格如何确定，是以对外转让合同的价格，还是以公司净资产重新进行评估确定价格，实务中争议较大，有必要尽快统一认识。
再如，股权转让合同履行完毕，因出让股东未履行向公司其他股东的告知义务，公司其他股东主张合同无效并请求行使优先购买权纠纷案件，对这类案件，有些法院认为应当首先审查公司章程是否有约定，公司章程有约定的，按约定处理：公司章程没有约定时，应当考虑合理期限，在股东名册或者工商登记作出变更超过一定期限时，其他股东主张行使优先购买权的，可以考虑不予支持。
（三）因转让瑕疵出资股权引起的纠纷案件。受让方如果明知出让方出资存在瑕疵仍受让股权时，对未按期足额的欠缴出资部分，应承担连带补充责任，相反，如果受让方对此不知情，不应承担责任，并且也有权以此为由请求撤销股权转让合同。
（四）隐名、显名股东转让股权引起的诉讼案件。这类案件情况比较复杂，隐名与显名股东之间是合同关系，具有相对性。通常情况下隐名股东与显名股东之间的约定，不能对抗公司及公司其他股东，也不能对抗第三人。
（五）股权的善意取得纠纷案件。公司股权被无权转让后，受让方起诉主张善意取得公司股权。审理这类案件时，既要考虑公司法律关系具有外观公示的特点，又要注意善意取得制度的基本原理，依法保护公司股东和善意第三人的合法权益。
最后，在股权转让纠纷过程中，首先应该确认纠纷类型，理清股东关系，为了节省双方以及公司的时间和金钱成本，在面对股权转让的情况时，转让双方都应该了解转让细节以及股东分布再做决定。
实务工作中，股权转让成立日（即股权交割日）的条件一般包括以下几点：购买协议已获股东大会通过，并已获相关政府部门批准（如果需要有关政府部门批准）;购买企业和被购买企业已办理必要的财产交接手续;购买企业已支付购买价款（指以现金和银行存款支付购股款）的大部分（一般应超过50%）;购买企业实际上已经控制被购买企业的财务和经营政策，并从其活动中获得利益或承担风险等。以上第三条是最重要也是最关键的股权交割标志。另外，按实际转让股款支付是否通过公司分为受让方先支付股款给公司，再由公司支付出让方;受让方直接将股款支付给出让方。以上方式中，第一种支付方式更规范、更可取，它既反映了股权受让方对公司的实际出资，又反映了出让方股份退出公司，收回原出资股份价值的整个过程，因此，股权转让是在公开、公平、公正原则下进行的;同时，这一支付方式有利于主管税务机关对出让方因转让股权而应交纳个人所得税的监管。
股权转让涉及营业税、企业所得税以及个人所得税（个人）、印花税等税种。
（一）营业税
《财政部、国家税务总局关于股权转让有关营业税问题的通知》（财税[2002]191号：对股权转让行为征税重新作出规定，自2003年1月1日起，对以无形资产、不动产投资入股，参与接受投资方利润分配，共同承担投资风险的行为，不征收营业税。对股权转让不征收营业税。
（二）企业所得税
根据新企业所得?税法和实施条例规定：“转让财产收入，是指企业转让固定资产、生物资产、无形资产、股权、债权等财产取得的收入。”因此企业转让股权取得的收入应作为企业的收入总额计算应纳税所得额。同时法第十六条规定“企业转让资产，该项资产的净值，准予在计算应纳税所得额时扣除。”其中净值，是指有关资产、财产的计税基础减除已经按照规定扣除的折旧、折耗、摊销、准备金等后的余额。”（企业所得税法实施条例第七十四条），另外《财政部国家税务总局关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税[2009]59号）对企业重组过程涉及的股权转让税收政策作了明确，可以查一下。
（三）个人所得税
《中华人民共和国个人所得税法》及其《实施条例》规定，个人股权转让所得，应按“财产转让所得”项目，按股权转让的收入额减除财产原值和合理费用后的余额，为应纳税所得额，适用20%的税率，计算缴纳个人所得税（这里指的是溢价转让，平价转让不涉及该税种）。
（四）印花税
非上市公司不以股票形式发生的企业股权转让行为。 根据印花税暂行条例和细则，以及国税发[1991]155号第十条“财产所有权转移书据的征税范围是：经政府管理机关登记注册的动产、不动产的所有权转移所立的书据，以及企业股权转让所立的书据。”这里的企业股权转让所立的书据，是指未上市公司股权转让所书立的书据，不包括上市公司的股票转让所书立的书据。
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