（一）结果不同。权利人超过保证期间诉请权利的，法律对于权利人的实体权利不予保护，即，义务人因权利人怠于行使权力而免责，债权债务关系终止。而权利人如果在诉讼时效期间怠于行使权力的，权利人的实体权利并不丧失，其丧失的为胜诉权，即权利人的诉讼利益将无法获得法律保护，法律规定，超过诉讼时效期间，当事人自愿履行债务的，不受诉讼时效限制”，从此法律规定可以也可以看出，权利人超过诉讼时效诉请权利的，其实体权利依然存在。
（二）保证期间具有约定性和法定性，诉讼时效是法定的，不可以约定。根据我国法律规定，保证期间原则上是约定期间，可以由当事人自有协商确定，在当事人没有约定或者约定不明或约定无效时，适用法定的保证期间。而诉讼时效为法律的强制性规定，根据 规定，当事人违反法律规定，约定延长或者缩短诉讼时效期间、预先放弃诉讼时效利益的，人民法院不予支持的规定，当事人不能预先排除或妨碍诉讼时效的适用，否则其约定无效。
（三）保证期限是不变期间，诉讼时效是可变期间。保证期间为除斥期间，根据除斥期间理论，除斥期间为不变期间，权利人超过除斥期间怠于行使权力将使权利义务归于消灭，设立除斥期间的目的是为了督促权利人及时行使权利，使权利义务的不特定性归于确定，同时保障法律关系的稳定。诉讼时效与保证期间有别，诉讼时效可以因特定事由中止、中断、延长。
保证期间属于除斥期。保证期间是确定保证人承担保证责任的期间，不发生中止、中断和延长。
第六百九十二条 【保证期间】保证期间是确定保证人承担保证责任的期间，不发生中止、中断和延长。
债权人与保证人可以约定保证期间，但是约定的保证期间早于主债务履行期限或者与主债务履行期限同时届满的，视为没有约定;没有约定或者约定不明确的，保证期间为主债务履行期限届满之日起六个月。
债权人与债务人对主债务履行期限没有约定或者约定不明确的，保证期间自债权人请求债务人履行债务的宽限期届满之日起计算。
连带责任保证的保证期间：连带责任保证的保证期间与主债权的存续期间一致。债权人与连带保证人可以约定保证期间，但是约定的保证期间早于主债务履行期限或者与主债务履行期限同时届满的，视为没有约定；没有约定或者约定不明确的，保证期间为主债务履行期限届满之日起六个月。
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