合同违约金千分之三不一定合法，要看实际收到的损失是多少，超过损失百分之三十的，就是不会被法院支持的，具体如下：
当事人主张约定的违约金过高请求予以适当减少的，人民法院应当以实际损失为基础，兼顾合同的履行情况、当事人的过错程度以及预期利益等综合因素，根据公平原则和诚实信用原则予以衡量，并作出裁决。找法网提醒，当事人约定的违约金超过造成损失的百分之三十的，一般可以认定为过分高于造成的损失。
当出现违约行为之时起，守约方就有权利向人民法院提起诉讼。因为我国法律没有要求需要违约行为发生多久之后才能起诉的限制。但是需要注意的是，违约行为发生之日起的，诉讼时效就开始计算，一般情况下，诉讼时效是只有三年，守约方应当在诉讼时效届满之前提起诉讼，否则将有可能丧失胜诉权。
根据《民法典》第一百八十八条的规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。
诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。
合同违约的起诉流程是：首先，要确定有管辖权的法院；然后，向有管辖权的法院递交起诉状，并按照被告人数提出副本；法院受理案件后，通知被告；被告提交答辩状；法院对案件进行审理。
《民事诉讼法》第一百二十条
起诉应当向人民法院递交起诉状，并按照被告人数提出副本。
书写起诉状确有困难的，可以口头起诉，由人民法院记入笔录，并告知对方当事人。
