土地纠纷调处的程序因争议双方的主体不同而有不同。依照我国《中华人民共和国民法典》规定：
（一）土地所有权和使用权的争议先由当事人协商解决。
（二）土地争议双方协商不成的，由当地人民政府土地管理部门进行调解，签订权属地界协议书。
（三）协商、调解不成的，按《中华人民共和国民法典》规定：全民所有制单位之间、集体所有制单位之间、全民所有制单位和集体所有制单位之间的土地所有权和使用权的争议，由区，县级以上人民政府做出处理决定。如属个人之间、个人与全民所有制单位和集体所有制单位之间的土地使用权的争议，由乡级人民政府或区、县级人民政府做出处理决定。
土地纠纷的实质是土地权属纠纷，即是指对土地所有权和使用权的争议。它包括农地、山地、草原、水域等因所有权、使用权受到侵害而引起的争执。权属纠纷发生的原因很多，主要是由于地界不清、土地权属紊乱、政策和体制的变更，以及其他历史遗留问题等。具体内容大致有以下几个方面：
（一）土改、合作化时留下来的土地权属未定，地界无明显的标志或土地证上规定得不够明确。
（二）公社化时期体制调整，新划地界不清或调整不合理，协议书订得不明确。
（三）因过去无偿占有或平调而变动的土地。
（四）因历年集体搞水利建设、平整土地造成地界变更，土地原有状况或新队之间归并，原有田界铲除，无原始记载，现在恢复乡村原建制无历史依据可查考的土地。
（五）因行政区划变更，原社队之间、社队与国有土地之间因插花地互越地界以致地界不清的土地。
（六）因移民开荒，侵占他队的荒山、荒坡、荒地和原权属不清的公共土地。
（七）因其他各种历史原因遗留下来的土地瓜葛问题。
（八）因土地的征用、承包等引起的所有权和使用权的变更而产生的权属争议等。
（九）乡镇集体企业建设用地，由于过去没有具体规定，需要重新给予核定。
（十）乡村公共事业或公益事业占有的土地，过去没有给过补偿，群众后来提出要补偿等问题。
一般土地纠纷案件必须依照《中华人民共和国民法典》规定，先由当地土地主管部门行政调处。当事人对行政调处不服时，才能按规定依照司法程序解决。未经行政调处的法院不予受理。
土地所有权和使用权争议解决之前，任何一方面都不得改变土地现状，不得破坏土地上的附属物，不得影响生产和在有争议的土地上兴建建筑物和变更附着物。
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