工程款45万缴纳的税款会比较复杂，特别是2018年个人所得税征收政策的出台，在工程款的缴税内容上会有新的变动。
工程款为45万元，需要缴纳营业税、城建税、教育附加费、资源税和印花税。具体税率为：营业税工程款的３％，城建税、教育附加费的税率分别为营业税的7%和3%，资源税为工程款的千分之二，印花税为工程款的万分之三，另外有一些地方，还需要收取防洪基金。金额和印花税差不多，具体税率由各地地方税务局制定，一般不超过万分之五。
《建筑安装业个人所得税征收管理暂行办法》
第十三条
对扣缴义务人按照所扣缴的税款，付给2%的手续费。
《建筑安装业个人所得税征收管理暂行办法》第十四条
建筑安装业单位所在地税务机关和工程作业所在地税务机关双方可以协商有关个人所得税代扣代缴和征收的具体操作办法，都有权对建筑安装业单位和个人依法进行税收检查，并有权依法处理其违反税收规定的行为。但一方已经处理的，另一方不得重复处理。
