根据《民法总则》和《合同法》的有关规定，农村房屋买卖协议只要是基于当事人双方的平等协商、自愿达成的，即为有效协议，具有法律效力。但是房屋的所有权转移，须办理登记才发生法律效力。农村宅基地只能分配给本村村民，且村民只有使用权，城镇居民购买的，不能办理所有权转移手续。
根据《物权法》第九条规定，不动产权的设立、变更、转让和消灭，经依法登记，才发生效力；未经登记，不发生效力，但法律另有规定的除外。
如果农村房屋是小产权房，虽然不能过户，但是符合《民法总则》和《合同法》的有关规定，签订的合同仍然具有法律效力的，不能认定协议书无效。
根据《物权法》第十五条规定，当事人之间订立有关设立、变更、转让或消灭不动产物权的合同，除法律另有规定或者合同另有约定外，自合同成立时生效；未办理物权登记的，不影响合同效力。
《中华人民共和国物权法》第九条
不动产物权的设立、变更、转让和消灭，经依法登记，发生效力；未经登记，不发生效力，但法律另有规定的除外。
《中华人民共和国物权法》第十五条
当事人之间订立有关设立、变更、转让和消灭不动产物权的合同，除法律另有规定或者合同另有约定外，自合同成立时生效；未办理物权登记的，不影响合同效力。
