公司申请破产重组的债务问题，可以与债权人就重组条件进行谈判，就债权的债务减免、支付条件、偿付比例等问题进行协商。具体有以下几种操作方式：
第一、债务转移，主要是指负债企业将其对债权人的负债转移给第三方承担的行为。负债企业的债务转移，对于债权人来讲，就是一种债权转让。
第二、债务抵销，主要是指当事人就相互之间的债务，按对等数额使其相互消灭的行为。如果双方的债务数额不相等，对尚未抵销的剩余债务，债务人仍有清偿的义务。
第三、减免债务。是指由债权人减让部分债权，在一定程度上减轻负债企业的负担。减免债务这种债务重组方式一般在企业资不抵债时较常采用。
《企业破产法》第八十七条
部分表决组未通过重整计划草案的，债务人或者管理人可以同未通过重整计划草案的表决组协商。该表决组可以在协商后再表决一次。双方协商的结果不得损害其他表决组的利益。
未通过重整计划草案的表决组拒绝再次表决或者再次表决仍未通过重整计划草案，但重整计划草案符合下列条件的，债务人或者管理人可以申请人民法院批准重整计划草案：
（一）按照重整计划草案，本法第八十二条第一款第一项所列债权就该特定财产将获得全额清偿，其因延期清偿所受的损失将得到公平补偿，并且其担保权未受到实质性损害，或者该表决组已经通过重整计划草案。
（二）按照重整计划草案，本法第八十二条第一款第二项、第三项所列债权将获得全额清偿，或者相应表决组已经通过重整计划草案。
