工程阴阳合同的效力分为以下三种情形：一、阴合同、阳合同均无效。若阴阳合同都违背法律法规的强制性规定，那么当事人之间所签订的合同均为无效；二、阳合同部分条款有效。如果合同双方在招投标手续方面并未违反法律法规，则一般认定经过备案的阳合同关于工程价款结算的约定内容部分有效。三、阴合同特定条件下有效。在具备法定条件时，对建设工程合同的实质性内容合法变更的阴合同有效。
《最高人民法院关于审理建设工程合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二十一条
当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据。
《最高人民法院关于审理建设工程合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二十一条
当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据。
