合同纠纷调解的方法有：
1、行政调解，根据一方或双方当事人的申请，当事人双方在其上级业务主管部门主持下，通过说服教育，自愿达成协议；
2、仲裁调解，依照合同中的仲裁条款或者事先达成的仲裁协议，向仲裁机构提出申请；
3、法院调解，在人民法院的主持下，双方当事人平等协商，达成协议。
根据2021年1月1日起施行生效的《中华人民共和国民法典》第九十三条规定，人民法院审理民事案件，根据当事人自愿的原则，在事实清楚的基础上，分清是非，进行调解。
《中华人民共和国民法典》第九十三条
人民法院审理民事案件，根据当事人自愿的原则，在事实清楚的基础上，分清是非，进行调解。
