公司股权转让变更登记程序如下：
1、股权转让协议履行完毕，修改公司章程；
2、由经办人携带股权转让协议、公司章程等材料到工商局办理变更登记；
3、填写变更登记申请表；
4、提交材料进行审核；
5、完成登记。
根据《中华人民共和国企业法人登记管理条例施行细则》第四十四条的规定，登记主管机关应当在申请变更登记的单位提交的有关文件、证件齐备后30日内，作出核准变更登记或者不予核准变更登记的决定。
《中华人民共和国企业法人登记管理条例施行细则》第四十四条
登记主管机关应当在申请变更登记的单位提交的有关文件、证件齐备后30日内，作出核准变更登记或者不予核准变更登记的决定。
