商业用地的土地使用证，在转让土地使用权，以及转让房屋建筑的情形下，可以办理过户。
根据《土地管理法实施条例》第六条第一款的规定，依法改变土地所有权、使用权的，因依法转让地上建筑物、构筑物等附着物导致土地使用权转移的，必须向土地所在地的县级以上人民政府土地行政主管部门提出土地变更登记申请，由原土地登记机关依法进行土地所有权、使用权变更登记。土地所有权、使用权的变更，自变更登记之日起生效。
《城镇国有土地使用权出让和转让暂行条例》第二十五条第一款规定，土地使用权和地上建筑物、其他附着物所有权转让，应当依照规定办理过户登记。
《土地管理法实施条例》第六条第一款
依法改变土地所有权、使用权的，因依法转让地上建筑物、构筑物等附着物导致土地使用权转移的，必须向土地所在地的县级以上人民政府土地行政主管部门提出土地变更登记申请，由原土地登记机关依法进行土地所有权、使用权变更登记。土地所有权、使用权的变更，自变更登记之日起生效。
《城镇国有土地使用权出让和转让暂行条例》第二十五条第一款
土地使用权和地上建筑物、其他附着物所有权转让，应当依照规定办理过户登记。
