股权转让协议无效的处理是：
1、股权已经转让的，要互相返还转让所得；
2、已经办理变更登记的，要申请撤销；
3、有过错的要按过错程度赔偿对方所受到的损失。
根据2021年实施的《民法典》第一百五十五条规定，无效的或者被撤销的民事法律行为自始没有法律约束力。
第一百五十七条规定，民事法律行为无效、被撤销或者确定不发生效力后，行为人因该行为取得的财产，应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。有过错的一方应当赔偿对方由此所受到的损失；各方都有过错的，应当各自承担相应的责任。法律另有规定的，依照其规定。
《民法典》第一百五十五条
无效的或者被撤销的民事法律行为自始没有法律约束力。
第一百五十七条
民事法律行为无效、被撤销或者确定不发生效力后，行为人因该行为取得的财产，应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。有过错的一方应当赔偿对方由此所受到的损失；各方都有过错的，应当各自承担相应的责任。法律另有规定的，依照其规定。
