有限合伙企业的纳税方式是，按照合伙协议约定的分配比例来缴纳。如果协议无约定的，按照合伙人协商的分配比例来缴纳；如果协商不成的，按照实缴比例来纳税；如果出资比例不能确定的，则按照合伙人数量平均纳税。
根据《财政部、国家税务总局关于合伙企业合伙人所得税问题的通知》第四条第一、二项的规定，合伙企业的合伙人按照下列原则确定应纳税所得额：
（一）合伙企业的合伙人以合伙企业的生产经营所得和其他所得，按照合伙协议约定的分配比例确定应纳税所得额。
（二）合伙协议未约定或者约定不明确的，以全部生产经营所得和其他所得，按照合伙人协商决定的分配比例确定应纳税所得额。
《财政部、国家税务总局关于合伙企业合伙人所得税问题的通知》
四、合伙企业的合伙人按照下列原则确定应纳税所得额：
（一）合伙企业的合伙人以合伙企业的生产经营所得和其他所得，按照合伙协议约定的分配比例确定应纳税所得额。
（二）合伙协议未约定或者约定不明确的，以全部生产经营所得和其他所得，按照合伙人协商决定的分配比例确定应纳税所得额。
（三）协商不成的，以全部生产经营所得和其他所得，按照合伙人实缴出资比例确定应纳税所得额。
（四）无法确定出资比例的，以全部生产经营所得和其他所得，按照合伙人数量平均计算每个合伙人的应纳税所得额。
合伙协议不得约定将全部利润分配给部分合伙人。
