借条经双方协商一致后修改的，修改后的借条有效。借条被一方擅自修改，如果修改部分对借条构成实质性的影响的，修改的部分无效。
《民法典》第五百四十三条当事人协商一致可以变更合同。
第一百五十六条规定，民事法律行为部分无效，不影响其他部分效力的，其他部分仍然有效。
第五百四十四条当事人对合同变更的内容约定不明确的，推定为未变更。
《民法典》第一百五十六条
民事法律行为部分无效，不影响其他部分效力的，其他部分仍然有效。
第一百四十三条
具备下列条件的民事法律行为有效：
（一）行为人具有相应的民事行为能力；
（二）意思表示真实；
（三）不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。
第一百五十三条
违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效。但是，该强制性规定不导致该民事法律行为无效的除外。
违背公序良俗的民事法律行为无效。
