分公司的入股协议无效。因为分公司是没有股东和相应的股份的，分公司是没有独立法人地位的，隶属于总公司，没有独立的名称和产业，并且由总公司对分公司债权债务承担无限连带责任。因此，分公司就不可能存在股东、股份，因此也不存在入股公司的问题。
《公司法》第十四条的规定，公司可以设立分公司。设立分公司，应当向公司登记机关申请登记，领取营业执照。分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。
公司可以设立子公司，子公司具有法人资格，依法独立承担民事责任。
《公司法》第十四条
公司可以设立分公司。设立分公司，应当向公司登记机关申请登记，领取营业执照。分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。
公司可以设立子公司，子公司具有法人资格，依法独立承担民事责任。
