购房合同补充协议不合理可以不签。因为补充协议的本质也是属于合同的一种，因此补充协议也应当是双方当事人真实的意思表示达成一致签订的。如果任何补充协议不合理，经过协商后仍然无法达成一致的，则基于意思自治原则，是可以不签订该补充协议的。
根据《民法典》第一百四十三条的规定，具备下列条件的民事法律行为有效：
（一）行为人具有相应的民事行为能力；
（二）意思表示真实；
（三）不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。
《民法典》第一百四十三条
具备下列条件的民事法律行为有效：
（一）行为人具有相应的民事行为能力；
（二）意思表示真实；
（三）不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。
