公司遇到恶意收购的处理办法有：
1、在公司章程中订立反收购条款，例如，在公司章程中规定董事的更换每年只能改选1/4或1/3等；
2、当恶意收购者提出收购时，针锋相对地向收购公司提出收购；
3、公司董事及高层管理者与目标公司签订合同规定：一旦目标公司被收购，而且董事、高层管理者都被解职时，被解职者可领到巨额退休金，以提高收购成本；
4、通过发现收购方在收购过程中存在的法律缺陷，提出司法诉讼，是反收购战的常用方式。
《上市公司收购管理办法》第七十八条第三款规定，存在前二款规定情形，收购人涉嫌虚假披露、操纵证券市场的，中国证监会对收购人进行立案稽查，依法追究其法律责任；收购人聘请的财务顾问没有充分证据表明其勤勉尽责的，自收购人违规事实发生之日起1年内，中国证监会不受理该财务顾问提交的上市公司并购重组申报文件，情节严重的，依法追究法律责任。
《上市公司收购管理办法》第七十八条
收购人未依照本办法的规定履行相关义务、相应程序擅自实施要约收购的，或者不符合本办法规定的免除发出要约情形，拒不履行相关义务、相应程序的，中国证监会责令改正，采取监管谈话、出具警示函、责令暂停或者停止收购等监管措施。在改正前，收购人不得对其持有或者支配的股份行使表决权。
发出收购要约的收购人在收购要约期限届满，不按照约定支付收购价款或者购买预受股份的，自该事实发生之日起3年内不得收购上市公司，中国证监会不受理收购人及其关联方提交的申报文件。
