被退回的侦查案件，公安机关的处理方式如下：在犯罪事实清楚的情况下，仅是因为证据不足的，应当在补充证据后，制作补充侦查报告书，再移送人民检察院进行审查起诉
根据《刑事诉讼法》第一百七十五条的规定，人民检察院审查案件，可以要求公安机关提供法庭审判所必需的证据材料；认为可能存在本法第五十六条规定的以非法方法收集证据情形的，可以要求其对证据收集的合法性作出说明
人民检察院审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查
对于补充侦查的案件，应当在一个月以内补充侦查完毕
补充侦查以二次为限
补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查起诉期限
《刑事诉讼法》第一百七十五人民检察院审查案件，可以要求公安机关提供法庭审判所必需的证据材料；认为可能存在本法第五十六条规定的以非法方法收集证据情形的，可以要求其对证据收集的合法性作出说明
人民检察院审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查
对于补充侦查的案件，应当在一个月以内补充侦查完毕
补充侦查以二次为限
补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查起诉期限
对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定
