按照我国《民事诉讼法》及最高院司法解释的规定，合同纠纷由被告住所地或合同履行地法院管辖。如果合同没有实际履行，当事人双方住所地又都不在合同约定的履行地的，应由被告住所地法院管辖。且法律赋予当事人协议约定管辖法院的权利，即合同的双方当事人可以在书面合同中协议选择与被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的法院管辖，但不得违反级别管辖和专属管辖的规定。
在股权转让协议纠纷中，若双方当事人对管辖法院有约定且约定有效的，应适用其约定;没有约定或约定不明的，应适用法律规定，即由被告住所地或者合同履行地法院管辖。其中，合同履行地应为股权转让的目标公司的公司注册地，因为转让行为需向公司注册地的登记机关履行相应的手续方可完成。
《中华人民共和国民事诉讼法》第二十一条
对公民提起的民事诉讼，由被告住所地人民法院管辖；被告住所地与经常居住地不一致的，由经常居住地人民法院管辖。
对法人或者其他组织提起的民事诉讼，由被告住所地人民法院管辖。
同一诉讼的几个被告住所地、经常居住地在两个以上人民法院辖区的，各该人民法院都有管辖权。
