公司股权变更的费用包括：1、印花税，是变更股权的总价款的万分之五；2、个人所得税，适用的是比例税率，应当由转让人，按照百分之二十的税率来缴纳
根据《中华人民共和国个人所得税法》第二条第一款规定，下列各项个人所得，应当缴纳个人所得税：（六）利息、股息、红利所得；（七）财产租赁所得；（八）财产转让所得；（九）偶然所得
《中华人民共和国个人所得税法》第二条下列各项个人所得，应当缴纳个人所得税：（六）利息、股息、红利所得；（七）财产租赁所得；（八）财产转让所得；（九）偶然所得
居民个人取得前款第一项至第四项所得（以下称综合所得），按纳税年度合并计算个人所得税；非居民个人取得前款第一项至第四项所得，按月或者按次分项计算个人所得税
纳税人取得前款第五项至第九项所得，依照本法规定分别计算个人所得税
