房屋产权登记的主体风险有：1、在登记管理行为主体方面，跨地域登记管理
如在市、县边缘地区，甲市登记机关对乙市房屋登记管理；也有登记机关对有些行政单位垂直管理范围内房屋所在地跨地区的一并登记
2、在登记管理行为内容方面，证件不齐全，确权证据链脱节、证件虚假
根据《民法典》第二百零九条规定，不动产物权的设立、变更、转让和消灭，经依法登记，发生效力；未经登记，不发生效力，但是法律另有规定的除外
依法属于国家所有的自然资源，所有权可以不登记
第二百一十条规定，不动产登记，由不动产所在地的登记机构办理
国家对不动产实行统一登记制度
统一登记的范围、登记机构和登记办法，由法律、行政法规规定
《民法典》第二百零九条不动产物权的设立、变更、转让和消灭，经依法登记，发生效力；未经登记，不发生效力，但是法律另有规定的除外
依法属于国家所有的自然资源，所有权可以不登记
第二百一十条不动产登记，由不动产所在地的登记机构办理
国家对不动产实行统一登记制度
统一登记的范围、登记机构和登记办法，由法律、行政法规规定
