公安机关办理刑事案件程序如下：1、立案；2、侦查；3、制作起诉意见书报送检察机关审查起诉；4、如果检察机关退回补充侦查的，还得继续补充侦查
根据《公安机关办理刑事案件程序规定》第一百四十八条规定，对犯罪嫌疑人逮捕后的侦查羁押期限不得超过二个月
案情复杂、期限届满不能侦查终结的案件，应当制作提请批准延长侦查羁押期限意见书，经县级以上公安机关负责人批准后，在期限届满七日前送请同级人民检察院转报上一级人民检察院批准延长一个月
《公安机关办理刑事案件程序规定》第一百四十八条对犯罪嫌疑人逮捕后的侦查羁押期限不得超过二个月
案情复杂、期限届满不能侦查终结的案件，应当制作提请批准延长侦查羁押期限意见书，经县级以上公安机关负责人批准后，在期限届满七日前送请同级人民检察院转报上一级人民检察院批准延长一个月
