专利申请权转让合同被宣告无效后，应当返还专利侵权赔偿金、专利使用费、专利权转让费。
依据《专利法》第四十七条规定，宣告无效的专利权视为自始即不存在。
宣告专利权无效的决定，对在宣告专利权无效前人民法院作出并已执行的专利侵权的判决、调解书，已经履行或者强制执行的专利侵权纠纷处理决定，以及已经履行的专利实施许可合同和专利权转让合同，不具有追溯力。但是因专利权人的恶意给他人造成的损失，应当给予赔偿。
依照前款规定不返还专利侵权赔偿金、专利使用费、专利权转让费，明显违反公平原则的，应当全部或者部分返还。
《中华人民共和国专利法》第四十七条。
