运输合同纠纷管辖是可以约定的。
出现运输合同纠纷，首先看是否有合法有效的约定管辖的协议，如果有的话，则协议约定的法院有管辖权；如果没有约定，则根据法定管辖来确定管辖法院，即被告住所地法院肯定有管辖权。
如果合同已经履行的，则合同履行地法院有管辖权，如果合同未履行，双方约定的合同履行地在合同任何一方住所地的，此约定的合同履行地法院有管辖权，否则合同履行地法院无管辖权。
《民事诉讼法》第二十三条，因合同纠纷提起的诉讼，由被告住所地或者合同履行地人民法院管辖。
