女方出轨与别人同居，已经分居两年多，但双方不能达成协议离婚，请问该怎么处理？

先协议离婚，协商不成的则只能到对方户籍所在地或经常居住地（最近连续居住满一年以上的地方）的法院要求离婚。如果您有证据（如分居两年、对方有外遇或有家庭暴力等的证据）证明感情确已破裂，则法院一般会判决离婚，否则您第一次起诉离婚法院很可能会判决驳回。
但如果您在被驳回的6个月后，坚持第二次起诉离婚，那么法院就很有可能认为您们感情确已破裂，并判决离婚。

女方出轨能否协议离婚？
女方出轨的，可以协议离婚，也可以起诉离婚，此时，作为无过错方的男方可以请求离婚损害赔偿，离婚损害赔偿的证据主要包括：
（1）过错行为人承认错误的文字记录或口头陈述。
（2）由过错方所在的居(村)委会或其所在的单位出具的其与他人同居或与他人以夫妻名义相称共同生活的证明。
（3）由婚姻登记机关出具的其与他人结婚的证明。
（4）有关机构如医院出具的证明遭受家庭暴力的诊断或有关机关出具的伤情鉴定书。
（5）由人民法院作出的构成虐待罪、遗弃罪或其他关于家庭暴力犯罪的刑事判决书。
（6）左右邻居的证词。
（7）能证明一方有过错事实或行为的照片。
（8）司法行政、执法机关的相关记录等。

分居协议，并非一严格意义上的法律名词，该名词在我国法律条文中未曾出现过。分居协议，一般是指夫妻双方在不解除婚姻关系的前提下，就终止夫妻同居义务所达成的书面协议。目前，分居协议的签订在我国婚姻家庭法律事务中也出现的越来越多，只是在效力方面尚未得到官方评价。
分居协议书的无效，并不意味着分居协议书的所有条款无效。例如在分居协议书中有关处分夫妻财产关系的条款，如不违反我国法律强制性规定，则为有效。

(一)当事人须为合法夫妻并且具有完全民事行为能力
1、协议离婚的当事人双方应当具有合法夫妻身份。以协议离婚方式办理离婚的，仅限于依法办理了结婚登记的婚姻关系当事人。不包括未婚同居和有配偶者与他人非法同居的男女双方，也不包括未办理结婚登记的“事实婚姻”中的男女双方。根据《婚姻登记条例》第十八条的规定，未办理过结婚登记的男女申请离婚登记的，婚姻登记机关不予受理。其间发生的有关身份关系的纠纷，以及涉及子女、财产问题的争议，可以诉请人民法院处理。
2、协议离婚的当事人双方均应当具有完全的民事行为能力。只有完全民事行为能力人才能独立自主地处理自己的婚姻问题。一方或者双方当事人为限制民事行为能力或者无民事行为能力的，即精神病患者、痴呆症患者，不适用协议离婚程序，只能适用诉讼程序处理离婚问题，以维护没有完全民事行为能力当事人的合法权益。
(二)协议离婚当事人双方必须具有离婚的共同意愿
“双方自愿”是协议离婚的基本条件，协议离婚的当事人应当有一致的离婚意愿。这一意愿必须是真实而非虚假的；必须是自主作出的而不是受对方或第三方欺诈、胁迫或因重大误解而形成的；必须是一致的而不是有分歧的。对于一方要求离婚的，婚姻登记机关不予受理，只能通过诉讼离婚解决争议。
(三)对子女和财产问题已有适当处理
“对子女和财产问题已有适当处理”是协议离婚的必要条件。如果婚姻关系当事人不能对离婚后的子女和财产问题达成一致意见、作出适当处理的话，则不能通过婚姻登记程序离婚，而只能通过诉讼程序离婚。
1、对子女问题有适当处理，是指对双方离婚后有关子女抚养、教育、探望等问题，在有利于保护子女合法权益的原则下作了合理的、妥当的安排。包括子女由哪一方直接抚养，子女的抚养费和教育费如何负担、如何给付等等。由于父母与子女的关系不因父母离婚而消除，协议中还可以约定不直接抚育方对子女探望权利行使的内容，包括探望的方式、时间等。
2、对财产问题有适当处理，主要包括：
(1)在不侵害任何一方合法权益的前提下，对夫妻共同财产作合理分割，对给予生活困难的另一方以经济帮助作妥善安排，并切实解决好双方离婚后的住房问题；
(2)在不侵害国家、集体和第三人利益的前提下，对共同债务的清偿作出负责的处理。

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