当时协议写着孩子的抚养权归男方，但是现在男方自动放弃抚养权，抚养权归女方，我们需要办理什么手续呢？

首先根据我国法律的规定，分居满两年属于法定的离婚条件，如果您有证据证明这一事实，那么法律是有会支持您的诉求的。其次实践中协议离婚无论从时间上还是从精力上都是较为便捷的方法，但是这个需要双方就子女抚养和财产分割达成一致，所以前期的沟通和协商过程很关键。
再次我国法律规定未满两周岁的子女在父母离婚时一般是为随母亲生活为原则的，但是如果母亲主动放弃或者有其他特殊情况也可能有男方抚养，所以孩子的抚养问题要根据实际情况具体而言。
最后关于抚养费的证明问题需要结合案情具体分析，因为类似这种比较个人化和隐私的问题一般很难取得直接证明，需要结合实际情况通过一系列间接的证据来锁定事实，支持您的主张。
总之您的问题较多也较为复杂，如有需要可以直接电话咨询，这样更有利于问题的解决。

父母离婚后，子女随哪方生活，一般是根据“有利于子女健康成长”的原则来决定。《婚姻法》第三十六条第三款规定：“离婚后，哺乳期内的子女，以随哺乳的母亲抚养为原则。哺乳期后的子女，如双方因抚养问题发生争执不能达成协议时，由人民法院根据子女的利益和双方的具体情况判决。”由此可见，子女由谁抚养的问题应根据于女的年龄分两种情况来决定： 第一，哺乳期内的子女由母亲抚养。按最高人民法院1993年11月3日颁发的《关于人民法院审理离婚案件处理子女抚养问题的若干具体意见》第一条规定：“两周岁以下的子女，一般随母方生活”。如果母亲有以下情形之一的，也可随父方生活
(1)患有久治不愈的传染性疾病或其他严重疾病，子女不宜与其共同生活的
(2)有抚养条件不尽抚养义务，而父方要求子女随其生活的；
(3)因其他原因，子女确无法随母方生活的。另外，父母双方协议两周岁以下子女随父方生活，并对子女健康成长无不利影响的，可予准许。 第二，哺乳期后的子女由谁抚养的问题 　　首先应由父母双方协商确定，协商不成的，由人民法院根据双方的情况判决。如果父方和母方均要求随其生活，根据最高人民法院上述意见第3条和第4条的规定，一方有下列情形之一的，可予优先考虑： 　　
(2)子女随其生活时间较长，改变生活环境对于女健康成长明显不利的； 　　
(3)无其他子女，而另一方有其他子女的； 　　
(4)子女随其生活，对子女成长有利，而另一方患有久治不愈的传染性疾病或其他严重疾病，或者有其他不利于子女身心健康的情形，不宜与子女共同生活的。 　　
(5)父方与母方抚养子女的条件基本相同，双方均要求子女与其共同生活，但子女单独随祖父母或外祖父母共同生活多年，且祖父母或外祖父母要求并且有能力帮助子女照顾孙子女或外孙子女的，可作为子女随父或随母生活的优先条件予以考虑。 　　如果子女是已满10周岁的未成年人，父母双方对于女随父或随母生活发生争执时，根据上述意见第5条的规定，应考虑该子女的意见。

1、离婚协议一经签订并经民政局或者人民法院确认，即不得反悔。
2、如果认为对方不适宜抚养孩子，而且本人更适宜抚养孩子的，可以依法向法院起诉，申请变更孩子的抚养权。
　　《最高人民法院关于人民法院审理离婚案件处理子女抚养问题的若干具体意见》
　　
15、离婚后，一方要求变更子女抚养关系的，或者子女要求增加抚育费的，应另行起诉。

实践中很多当事人特别是女方希望一次性支付孩子的抚养费用,根据有关司法解释和司法实践来看,当事人的这种要求往往得不到法院的支持。法院判决或调解一次性支付孩子的抚养费的情况往往具备以下几个条件:一方要求一次性支付;另一方同意一次性支付;另一方完全有一次性支付的能力;不损害他人权益。
也就是说,如果另一方不同意一次性给付孩子的抚养费,法院很难支持一方一次性支付抚养费的诉讼请求。

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