员工在工作过程中突发疾病分两种情况，如果是自身原因的原有疾病不能申请赔偿的，如果是因工作原因导致的职业病或者是因工作原因导致的突发疾病，可认定为工伤，可以申请赔偿。
法律依据：
《
工伤保险条例》第十五条
职工有下列情形之一的，视同工伤：
（一）在工作时间和工作岗位，突发疾病死亡或者在48小时之内经抢救无效死亡的；
（二）在抢险救灾等维护国家利益、公共利益活动中受到伤害的；
（三）职工原在军队服役，因战、因公负伤致残，已取得革命伤残军人证，到用人单位后旧伤复发的。职工有前款第
（一）项、第
（二）项情形的，按照本条例的有关规定享受工伤保险待遇；职工有前款第
（三）项情形的，按照本条例的有关规定享受除一次性伤残补助金以外的工伤保险待遇。
《工伤保险条例》第十四条
职工有下列情形之一的，应当认定为工伤:
（一）在工作时间和工作场所内，因工作原因受到事故伤害的；
（二）工作时间前后在工作场所内，从事与工作有关的预备性或者收尾性工作受到事故伤害的；
（三）在工作时间和工作场所内，因履行工作职责受到暴力等意外伤害的。
（四）患职业病的；
（五）因工外出期间，由于工作原因受到伤害或者发生事故下落不明的；
（六）在上下班途中，受到非本人主要责任的
交通事故或者城市轨道交通、客运轮渡、火车事故伤害的；
（七）法律、行政法规规定应当认定为工伤的其他情形。
