两者主要区别：
1、法律界定的范围不同。
2、实施的主体不同。
3、组织形式有区别。
4、资金保障不同。政府采购实行严格的预算管理，并有坚实的政府采购资金作采购项目的保障；由国库统一集中支付，减少了拨款环节，避免了资金流失占用和拖欠资金等弊端，维护了政府形象。而招投标不具有上述特点。
5、服务结果不同。政府采购中心作为政府内部的服务机构不收取任何费用，全部免费服务，同时对政府采购资金的节余部分全部归财政，充分体现了反腐倡廉目的，这是招投标企业所无法做到的。
宏观上，我国招标投标的法律体系由两大部分组成，一部分是工程类的招标投标，另一部分则是政府采购。前者主要由法律依据：《招标投标法》《招标投标法实施条例》以及相关部门规章所规制。后者主要由《政府采购法》《政府采购法实施条例》以及相关部门规章所规制。
具体如下：
（一）招标（采购）主体不同。
《招标投标法》适用的招标主体无限制，包括私人企业以及其他
非法人组织。《政府采购法》适用的招标人有限制，各级国家机关、事业单位和团体组织为采购主体，不包括企业以及村民自治组织等。
（二）采购方式不同。
《招标投标法》规定，招标分为公开招标和邀请招标2种方式。《政府采购法》规定采用公开招标、邀请招标、竞争性谈判、竞争性蹉商（财政部印发的《
政府采购竞争性磋商采购方式管理暂行办法》认定）、单一来源采购、询价6种采购方式；公开招标作为政府采购的主要采购方式；政府采购工程进行招标投标的，适用招标投标法。
（三）实施程序不同。
招标投标的程序始于招标文件的制作，止于供应商的确定。政府采购的程序包括采购预算编制、计划编报、采购意向、采购需求、招标采购、合同备案、履约验收、质疑投诉、复议诉讼、资金支付等环节。
（四）监管部门不同。
招标投标工作由发展改革部门指导和协调，由公共资源交易监督管理部门、住建、水利、交运等行业主管部门按职责分工负责。政府采购监督管理工作由财政部门负责。
（五）法律责任不同。
《招标投标法》是用于指导招标投标活动的一部程序法（规定以保证权利和职权得以实现或行使，义务和责任得以履行的有关程序为主要内容）。《政府采购法》是专门为规范政府采购行为制定的一部实体法（规定和确认权利和义务以及职权和责任为主要内容）。程序法是正确实施实体法的保障。由此可见，两法并不冲突，也并不是非此即彼。
对于法律责任来说，《政府采购法》属于行政法的范畴，规范的是采购人的政府采购行为，强调的是行政责任。《招标投标法》属于民法、经济法的范畴，招标投标行为是一种民事行为，强调的是
民事责任。
需要注意的是，工程类招投标和政府采购当中，有些规则是不一致的。所以，如何正确选择适用法律，至为关键。
第一步，
基本原则。
首先根据招标人和采购资金的性质进行原则性的判断。如果招标人是企业（国有、民营），使用自有资金或者银行贷款参与招投标活动，原则上适用的是《招标投标法》相关法律规范；如果采购人是国家机关、事业单位或者团体组织，而且采用的资金是财政性的资金，原则上适用的是《政府采购法》相关法律规范。
第二步，具体规则。
1、所有的企业类的招投标活动，都不强制性受《政府采购法》法律规范的约束。实践中，企业类采购有三种情况：一是国家规定依法必须招标的项目；二是国家依法必须招标之外的项目，自愿招标；三是国家依法必须招标之外的项目，采用了非招标的方式采购采购活动。对于前两种，需要适用《招标投标法》相关法律规范。对于第三种，有的国有企业也参照了《政府采购法》当中的竞争性谈判、单一来源、询价的规定，但这并非强制性规定，自主权在企业。
2、政府采购的项目，需要进一步区分几种情况，部分政府采购项目，还是需要适用《招标投标法》相关法律规范的，这就涉及到两法衔接的问题。《招标投标法》第二条规定，在中华人民共和国境内进行的招标投标活动适用本法。相当于招标投标法第二条是按照采购方式来划分的，所有招投标活动要根据该法执行。同样，《政府采购法》第二条也有类似规定，在中华人民共和国境内进行的政府采购适用本法。根据该法规定，有五种政府采购方式，其中两种（公开招标、邀请招标）属于招投标。所以，两法对于招投标活动的规制存在重叠。
