户口不在一起，想证明是亲生父子关系，方法有：最有效、最直接的办法是：子女和父、母一起做亲子鉴定，合法鉴定机构的鉴定结论是最权威的证明。
还可以子女的出生证明来证明：出生证明上一般都填写有父母、子女的姓名、年龄、性别等，而且是医院在子女出生的当时发给，证明力也较强。
如果当事人有《出生医学证明》的，可以以此来证明当事人和父亲之间，存在父子关系；如果当事人出生年代较早，不能提供《出生医学证明》的，当事人可以去户口原籍地的村委、居委等部门，让对方出具证明；
也可以当事人写一份亲子关系证明后，再让户口原籍地的邻居出面佐证；当事人具体可咨询要求提供亲子关系证明的派出所工作人员，依对方的提示办理。
法律依据：《
关于改进和规范公安派出所出具证明工作的意见》 第二条 公民在办理相关社会事务时，无法用法定身份证件证明的事项，需要公安派出所开具相关证明的，由公安派出所根据具体情况予以办理。
主要包括下列9类情形：
1、户口登记项目内容变更更正证明。公民更正或者变更姓名、性别、民族成份、出生日期、公民身份号码等5项户口登记项目内容，或者因户口迁移，凭居民户口簿无法证明的事项，需要开具相应证明的，公安派出所应当查阅户籍档案并出具。
2、注销户口证明。公民因死亡、服现役、加入外国国籍、出国（境）定居、被判处徒刑注销户口，或者因重复（虚假）户口被注销，需要开具注销户口证明的，公安派出所应当出具。
3、亲属关系证明。曾经同户人员间的亲属关系，历史户籍档案等能够反映，需要开具证明的，公安派出所在核实后应当出具。
4、被拐儿童身份证明。经公安部门办案单位调查核实儿童为拐卖受害人，办理户口登记，需要开具证明的，公安派出所应当在核实后出具。
5、捡拾弃婴（儿童）报案证明。公安部门在依法履行职责过程中受理的捡拾弃婴（儿童）情况，需要开具证明的，公安派出所应当在核实后出具。
6、非正常死亡证明。公安部门依法处置的非正常死亡案（事）件（经医疗卫生机构救治的除外），需要开具证明的，公安派出所应当依据相关公安部门调查和检验鉴定结果出具。
7、临时身份证明。对急需登机、乘火车、长途汽车、船舶、住旅馆、参加法律规定的国家考试，因丢失、被盗或者忘记携带等原因无法出示法定身份证件的人员，机场、火车站、港口等公安派出所和旅馆、考场辖区公安派出所通过查询全国人口信息系统核准人员身份后办理并注明有效期限，用于临时搭乘飞机、火车、长途汽车、船舶和入住旅馆、参加考试。
公民在办理婚姻登记时，因特殊原因未能出示居民户口簿的，户籍所在地公安派出所本着便民利民、优化服务的原则，在核实相关信息后办理并注明用途和有效期限。
8、无犯罪记录证明。
犯罪记录是国家专门机关对犯罪人员情况的客观记载。根据相关规定，国家建立并逐步完善犯罪记录制度，人民法院负责通报犯罪人员生效的刑事裁判文书以及其他有关信息，公安机关、国家安全机关、人民检察院和司法行政机关分别负责受理、审核和处理有关犯罪记录的查询申请。
公安派出所在向社会提供犯罪信息查询服务时，应当严格依照法律法规关于升学、服现役、就业等资格、条件的规定办理。公民因办理出国（境）事务需要，可以申请查询本人有无犯罪记录。
使用犯罪人员信息的单位及其工作人员应当按照查询目的使用有关信息，对犯罪人员信息要严格保密。
9、法律法规规定的由公安派出所出具证明的其他情形。
