食品生产许可证和小作坊证的区别如下：
1、依据不同，许可依据的一般法规和规章等不同：食品企业许可依据的是
食品生产许可管理办法，食品小作坊依据的是省食品安全条例；
2、申请人的主体资格范围不同，食品企业申请人是企业
法人、合伙企业、
个人独资企业、个体工商户等均可，小作坊只可以是个体工商户；
3、申请许可的食品类别不同，食品企业可申请食品类别28类，小作坊申请类别19类，且具体类别也不尽相同，因此在办理生产许可证时要注意。
小作坊一般规模较小，而企业一般规模较大。但是这也不是绝对的，因为在《
中华人民共和国食品安全法》中并没有规定食品生产企业的规模，只要符合国家规定，都是可以取得相应的许可。
食品生产许可证可以生产总局食品分类目录里所有品类，小作坊允许生产的食品类型要参照各省局指定的相应小作坊管理条例，里面规定了许多种类是不允许做小作坊的。法律依据：《安全生产许可证条例》
第六条企业取得安全生产许可证，应当具备下列安全生产条件：
（一）建立、健全安全生产责任制，制定完备的安全生产规章制度和操作规程；
（二）安全投入符合安全生产要求；
（三）设置安全生产管理机构，配备专职安全生产管理人员；
（四）主要负责人和安全生产管理人员经考核合格；
（五）特种作业人员经有关业务主管部门考核合格，取得特种作业操作资格证书；
（六）从业人员经安全生产教育和培训合格；
（七）依法参加工伤保险，为从业人员缴纳保险费；
（八）厂房、作业场所和安全设施、设备、工艺符合有关安全生产法律、法规、标准和规程的要求；
（九）有职业危害防治措施，并为从业人员配备符合国家标准或者行业标准的劳动防护用品；
（十）依法进行安全评价；
（十一）有重大危险源检测、评估、监控措施和应急预案；
（十二）有生产安全事故应急救援预案、应急救援组织或者应急救援人员，配备必要的应急救援器材、设备；
（十三）法律、法规规定的其他条件。
