非法占用土地的处理方法如下：
1、由县级以上人民政府土地行政主管部门责令退还非法占用的土地。并且要将非法占用的土地恢复到占用以前的状态；
2、如果如果在非法占用的农用地上新建了违反土地利用总体规划的建筑物和其他设施的，应当进行拆除。
如果建筑符合土地利用总体规划的，则建筑物将被没收；
3、对非法占用土地单位的直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依法给予行政处分；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
非法占用土地是指单位或者个人未经批准擅自占用土地、采取欺骗手段骗取批准占用土地以及超过批准的数量多占土地的违法行为。法律依据：《
中华人民共和国土地管理法》
第二条 中华人民共和国实行土地的社会主义公有制，即全民所有制和劳动群众集体所有制。
全民所有，即国家所有土地的所有权由国务院代表国家行使。
任何单位和个人不得侵占、买卖或者以其他形式非法转让土地。土地使用权可以依法转让。
国家为了公共利益的需要，可以依法对土地实行征收或者征用并给予补偿。
国家依法实行国有土地有偿使用制度。
但是，国家在法律规定的范围内划拨国有土地使用权的除外。 第七十七条 未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地的，由县级以上人民政府自然资源主管部门责令退还非法占用的土地，对违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的，限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状，对符合土地利用总体规划的，没收在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，可以并处罚款；对非法占用土地单位的直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依法给予处分；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
超过批准的数量占用土地，多占的土地以非法占用土地论处。
